当出口代理公司采用1039市场采购贸易方式帮企业办理出口时，操作流程和税务处理有一定的特殊性。以下是操作步骤和相关税务问题的详细说明：

　　海关监管代码1039指的是“市场采购贸易方式”，它允许经营者在国家认定的市场内采购小商品，并以拼箱、组货等方式出口。

　　简化核销：与传统出口不同，1039模式简化了外汇核销流程，并允许多个企业一同参与收汇。

　　1039市场采购贸易方式在税务处理上有特殊规定，公司能够享受增值税免税政策，但必须要格外注意以下几点：

　　免征增值税：1039市场采购贸易方式下，出口的货物享有免征增值税的优惠政策。这在某种程度上预示着代理公司或出口企业不需要缴纳增值税。

　　无退税：1039市场采购贸易不同于一般贸易，它不适用出口退税政策。因为在市场采购贸易模式下，货物已经享受了免税政策，所以不再适用增值税退税。

　　出口代理公司在为企业代理出口过程中，收取的代理服务费或佣金属于公司正常营收，应该要依据实际经营情况缴纳公司所得税。

　　企业本身通过市场采购方式出口商品所产生的利润，需依照国家规定缴纳公司所得税，但不涉及增值税部分。

　　出口代理公司需要确保外汇结算的合规性，确保所有外汇收款通过正规渠道进行。所有涉及外汇的交易需要符合中国外汇管理条例，并在税务部门备案。

　　出口代理公司一定要在当地商务部门备案为外贸综合服务企业或市场采购贸易平台的代理公司，确保有资质使用1039方式来进行代理出口。

　　出口代理公司要与企业签订详细的代理协议，明确代理费、报关责任和税务及收汇处理等内容，确保代理服务的合规性。

　　虽然1039方式出口享有免税政策，但代理公司仍需确保所有交易都通过正规途径，定期向税务部门报备出口情况，尤其是涉及的企业所得税和外汇收款的部分。

　　通过市场采购贸易的1039方式，出口代理企业能为中小企业或个体工商户提供更便捷的出口服务，但同时要确保操作的合规性，尤其是在税务和外汇方面。